La fédération est comme il est précisé à l'article 5 des statuts, administrée par un Conseil composé de 36 membres. Les administrateurs sont élus pour une période de 4 ans.
Le conseil se réunit au moins 1 fois par semestre et chaque fois que le président fédéral le juge nécessaire. Il peut également se réunir sur demande d'1/4 au moins de ses membres.
Le conseil choisit parmi ses membres un bureau fédéral, élu pour deux ans et composé de :
- un président fédéral,
- un président fédéral délégué,
- quatre vice-présidents fédéraux, représentants de(s) :
1 officiers - 2 officiers mariniers - 3 équipages - 4 marine marchande et pêche
- un secrétaire général,
- un secrétaire général adjoint (poste non honoré actuellement),
- un trésorier général,
- un trésorier général adjoint,
- deux assesseurs.
Le bureau se réunit sur convocation du président fédéral ou du président délégué en principe une fois par mois.

Le bureau dispose d'un secrétariat permanent implanté au siège de la fédération.